29 сентября 1941 года в Бабьем Яру начались массовые расстрелы жителей Киева. 29 и 30 сентября немецкие подразделения уничтожили 33 771 человека. Казни продолжались до осени 1943 года. Всего за время оккупации в Бабьем Яру было убито около 100 тысяч человек — советских военнопленных и мирных жителей.
Немецкие войска заняли Киев 19 сентября 1941 года. Через несколько дней в центре города произошли взрывы. Мины заложили советские сапёры перед отступлением. Были разрушены здания на Крещатике, погибли немецкие военнослужащие и представители оккупационной администрации. Немцы использовали эти взрывы как повод для уничтожения оставшегося в Киеве еврейского населения. До войны в городе жило около 160 тысяч евреев. К моменту оккупации в городе оставалось около 60 тысяч человек, главным образом женщины, дети, пожилые и больные.
28 сентября по Киеву распространили около двух тысяч объявлений на русском, украинском и немецком языках. Всем евреям приказали к восьми часам утра 29 сентября явиться к перекрёстку улиц Мельникова и Дегтярёвской. Люди должны были взять документы, деньги, ценности и тёплую одежду. За неявку грозил расстрел. Место сбора находилось рядом с железной дорогой, поэтому многие решили, что немцы собираются вывезти их из города. Украинская вспомогательная полиция участвовала в распространении этих приказов.
Утром 29 сентября к месту сбора пришли десятки тысяч человек. Немецкие подразделения перекрыли окружающие улицы и создали коридор к Бабьему Яру. У людей отбирали документы, деньги и ценности. Затем их заставляли раздеваться. Жертв небольшими группами гнали к оврагу, избивали и направляли к месту расстрела.
Людей заставляли ложиться на тела уже убитых или спускаться на дно оврага. После этого их расстреливали из автоматического оружия. Следующие группы укладывали поверх тел предыдущих жертв. Убийства шли непрерывно в течение двух дней.
Главным исполнителем массовых убийств была зондеркоманда 4a айнзатцгруппы C под командованием штандартенфюрера СС Пауля Блобеля. В операции участвовали подразделения немецкой полиции порядка, в том числе 45-й и 303-й полицейские батальоны. Общее руководство карательными силами осуществлял высший руководитель СС и полиции на Украине Фридрих Еккельн. Немецкая военная администрация участвовала в подготовке операции, организации оцепления и направлении людей к месту убийства.
Немцы привлекали украинскую вспомогательную полицию. Украинские полицейские распространяли приказы о сборе, охраняли дороги к Бабьему Яру, сопровождали колонны и помогали направлять людей к месту расстрела.
За два дня зондеркоманда 4a отчиталась перед своим руководством об убийстве 33 771 человека.
После 30 сентября расстрелы в Бабьем Яру продолжались. Немцы привозили сюда советских военнопленных, цыган, подпольщиков, коммунистов, заложников и других жителей Киева. Здесь убивали пациентов расположенной рядом психиатрической больницы.
Летом 1943 года, когда Красная армия приближалась к Киеву, немцы начали уничтожать следы преступлений. Из Сырецкого лагеря отобрали несколько сотен заключённых. Их заставляли вскрывать массовые могилы, извлекать тела и сжигать их на больших кострах. С тел погибших снимали ценности, вырывали золотые зубы. После сожжения останков кости дробили, а пепел рассыпали по территории оврага.
В ночь на 29 сентября 1943 года заключённые подняли восстание. Они освободились от цепей и попытались прорваться через охрану. Большинство немцы убили, однако части узников удалось спастись. После освобождения Киева они дали показания о массовых расстрелах и уничтожении тел.
